בפיברו' וב-CFS נפוצות מאד בעיות במערכת העצבים האוטונומית, המווסתת את התפקודים האוטומטים בגוף, ביניהם דופק, לחץ דם, הזעה, מערכת העיכול והשתן.
אחת הבעיות היותר נפוצות היא POTS, בעיה בויסות לחץ הדם והדופק בעמידה. כאשר נעמדים הדם יורד לרגליים ומערכת העצבים האוטונומית אחראית לכווץ את כלי הדם ברגליים ולוסת את הדופק ולחץ הדם על מנת שמספיק דם יגיע אל המוח. כאשר זה לא קורה זה גורם בין השאר לקוצר נשימה, ראיית שחור בעיניים, סחרחורת, בחילה והרגשה שעומדים להתעלף או אפילו מתעלפים (לא כל הסימפטומים צריכים להופיע).
למרות שפוטס אינה בעיה נדירה, לוקח ש