פולי קפה גדלו פרא באפריקה, השבטים הנוודים באתיופיה נהגו ללעוס את הפולים שטעמם מר ונותר בחיך זמן רב.
כיון שאין היסטוריה כתובה מאזורים אלה, הסיפורים שבעל פה עברו מדור לדור ודיברו בשבחם של פולי הקפה כמקור למרץ וערנות.
מאפריקה השימוש בקפה נדד לתימן ומשם לשאר חצי ערב. רק בראשית המאה החמש עשרה החלו הערבים לקלות פולי קפה ולהכין מהם את המשקה השחור.
במאה השש עשרה ואילך, נוהג שתיית הקפה התפשט ברחבי האימפריה העותמנית ומשם לאירופה. בית הקפה הראשון באירופה נפתח בוונציה באמצע המאה ה- 17. חברות המסחר הגדולות של הבריטים וההולנדים הפיצו את הקפה בכל העולם. במאה ה- 17 החל השימוש בקפה ביבשת אמריקה והחלו לגדל קפה בברזיל ובארצות סמוכות, שם תנאי האקלים אפשרו זאת.

התכונות המעוררות של הקפה תוארו ע"י רופאים גרמניים בראשית המאה ה- 18 ובמאה ה -19 החל השימוש בקפה כחומר מעורר לאנשים שהתלוננו על חולשה ועייפות.
בראשית המאה ה- 19 כאשר החל מחקר מסודר שרתם את השיטות של כימיה אנליטית לשרות הרפואה בודד החומר הפעיל, קפאין ונעשה בו שימוש להעלאת לחץ הדם ולהאצת הדופק.

בשנות החמישים של המאה העשרים הרפואה הבינה את משמעותו של יתר לחץ הדם ואת הנזקים שהוא גורם, באותן שנים לא היו תרופות להורדת לחץ הדם, והראשונות שפותחו גרמו לתופעות לוואי כה קשות שלא התאפשר בהן שימוש קבוע. לכן הרופאים ניסו למצוא דרכים כיצד ניתן להוריד את לחץ הדם ע"י שינוי אורח חיים.

כיון שהיה ידוע כי קפאין מעלה לחץ דם, נאסר על החולים לשתות קפה. במשך השנים פורסמו מחקרים שהראו כי שותי קפה סובלים מהתקפי לב ומאירועים מוחיים, יותר מאלה שאינם שותים קפה, והמשקה שבינתיים השתכלל ונפוץ בצורות רבות ומגוונות, נאסר על יותר ויותר אנשים.

שנים רבות מאוחר יותר סמוך לסוף המאה העשרים, כאשר השיטות הסטטיסטיות אפשרו לבודד גורמי מחלה בחקר אוכלוסיות, התברר כי הנזקים שיוחסו בעבר לקפה נבעו למעשה מעישון הסיגריות, שכן רוב שותי הקפה עישנו. כאשר נחקרו קבוצות נבדקים שלא עשנו התברר כי הקשר בין שתית קפה לבין בריאות הוא ישר ולא הפוך. כלומר, שותי קפה בריאים יותר מאלה שאינם שותים קפה.

אנשים השותים שלוש כוסות קפה ביום או יותר חולים פחות בסכרת, שיעור התקפי הלב אצלם נמוך יותר והם נהנים מתוחלת חיים מעט יותר ארוכה. זאת ועוד, שתיית קפה איננה מעלה את לחץ הדם.
אנשים השותים קפה כל יום ישנים טוב ולחץ דמם אינו יותר גבוה, ולפי מספר מחקרים אף במקצת יותר נמוך, מאשר באלה שאינם שותים קפה. אדם שאינו רגיל לקפה, אם ישתה כוס קפה שחור מרוכז לחץ דמו יעלה לחצי שעה עד שעה ויחזור וירד. הדופק שלו יעלה, ואפילו התפתח אי שקט לשעה קלה.
אולם, אנשים השותים קפה כהרגל הרגישות שלהם פוחתת ונעלמת. מלבד טעמו הטוב יש לקפה ערך לשמירת הבריאות בתנאי שאין כורכים שתים קפה בעישון ואין ממתיקים בסוכר.