סיבוכים מערכתיים - הכוללים חום, חולשה, ואבדן תיאבון – הינם השתקפות של הדלקת במעי הדק ו/ או במעי הגס. אולם ישנם חולי במחלת מעי דלקתית הסובלים מסוגים מסוימים של דלקת פרקים, תופעות עוריות, דלקות עיניים, מחלות כבד וכליות, ואבדן עצם. מכל הסיבוכים המערכתיים, דלקת פרקים היא השכיחה ביותר. סיבוכי מפרקים, עיניים ועור מתרחשים ביחד לעיתים קרובות. מסיבות שאינן ידועות, התופעות המערכתיות עשויות לבלוט יותר בילדים ואפילו להאפיל על תסמיני המעיים, ובכך להקשות אף יותר על האבחנה. לפיכך, חשוב מאוד להשגיח על ילדים עם גדילה או התפתחות לא תקינה, ילדים עם הרגשת חולי, חום, וחולשה כללית. תופעות אלו עלולות להיות תסמינים מערכתיים של מחלת מעי דלקתית.