לרוב המוח ומערכת העצבים מהווים את איבר המטרה הראשוני למחלות נוירולוגיות. בינהן ניתן למנות שבץ מוח, טרשת נפוצה, פרקינסון,אלצהיימר מהוות רשימה חלקית בלבד של מחלות נוירולוגיות ראשוניות. עם זאת, חשוב לזכור כי המוח  עלול להיות מעורב באופן משני במספר רב של מחלות סיסטמיות הפוגעות במערכות שונות בגוף. 

מחלות קולגן מהוות דוגמא חשובה לכך, לרוב במנגנון של הסננה דלקתית של כלי דם מוחיים.  זאבת למשל, מחלה ראומטית הפוגעת בפרקים,עור, מערכת הדם, לב, כליות ועוד עשויה לערב את המוח ולגרום  לתופעות נוירולוגיות ונפשיות רבות  כגון פרכוסים או פסיכוזה. מעורבות הדם בזאבת עשויה לגרום למצב של קרישיות יתר וכך גם לשבץ בגיל צעיר. דלקת של מסתמי הלב בזאבת עלולה לגרום לשליחת תסחיפם מהלב אל המוח וכך לשבץ במנגנון שונה. מחלת דלקתיות נוספות העלולות לערב את המוח כוללות גם את מחלת הבכצט, סרקאידוזיס, וגנר ועוד. הטיפול במעורבות המוח במחלות אלו כולל בעיקר תכשירים המדכאים את מערכת החיסון וממתנים את התהליך הדלקתי.

מחלות קולגן עשויות לגרום לפגיעה גם במערכת עצבים ההיקפית בעיקר במנגנון המכונה "מונויריטיס מולטיפלקס", כלומר פגיעה לא סימטרית ואקראית במספר עצבים היקפים. המחלה הראומטית הכרוכה בשיעור גבוה ביותר של פגיעה היקפית הינה מחלת ה"פוליארטריטיס נודוזוה" ׁׁ-PAN

חשוב לזכור כי בכל חולה עם מחלה נויורלוגית לא ברורה, ובעיקר בחולים צעירים, חשוב לקבל היסטוריה מפורטת לגבי מערבות מערכתית כגון דלקות פרקים המתבטאות בכאב ,אודם ונפיחות סביב המפרק, פריחות ועוד.

המוח עשוי להוות איבר מטרה משני גם  לתהילכים פתולוגים אחרים כגון פיזור של גידולים דרך מערכת הדם או הלימפה (גרורות) ,זיהומים (כגון שחפת) ועוד.

נטילת היסטוריה ובדיקה גופנית מדוקדקת של כל מערכות הגוף מהוות חלק אינטגרלי מכל ההערכה נויורלוגית  מסודרת.